La SFER organise 2 à 3 colloques ou journée-débats par an autour d'un thème central entrant dans ses domaines de compétences (économie, Sociologie, Développement rural) et choisi parmi les sujets scientifiques les plus porteurs du moment.

Le programme scientifique et l'organisation sont définis par un comité d'organisation et un comité scientifique composé par des membres de la SFER (et éventuellement de la structure co-organisatrice) et validé par le Bureau de l'association.

La partie logistique est alors dévolue au bureau de la SFER et prise en charge par un comité d'organisation.

Ces manifestations se déroulent à Paris ou en Région, parfois en collaboration avec une autre structure (Agrocampus, Universités, Instituts de recherche). Elles permettent de rassembler des chercheurs français, européens et étrangers, elles font parfois l'objet d'une traduction simultanée en langue anglaise.

Elles sont un lieu de rencontre pour des personnes d'horizons différents. Ils donnent lieu à l'édition (brochure ou CD-Rom) des actes du colloque reprenant les interventions présentées.

Après sélection par le comité de rédaction et des référés extérieurs, un ensemble de textes peut-être publié dans la revue économie rurale assurant ainsi une plus large diffusion et pérennité aux débats et idées échangées.